Образованный летом 1997 года, Московский институт новых информационных технологий ФСБ России ведет свою историю с 1 октября 1997 года, когда были открыты первые курсы повышения квалификации сотрудников федеральных органов правительственной связи и информации. С этого времени он начал функционировать как самостоятельное юридическое лицо - Учебно-методический центр новых информационных технологий Федерального агентства правительственной связи и информации при Президенте Российской Федерации.

Создание образовательного учреждения такого типа было продиктовано необходимостью решения проблем кадрового обеспечения в сфере современных информационно-телекоммуникационных технологий.

Учебно-методический центр новых информационных технологий ФАПСИ при Президенте Российской Федерации в короткие сроки сформировал свою учебно-материальную базу. В течение 1997 была проведена активная работа по решению целого комплекса вопросов: правовых, организационно-штатных и кадровых; выделения и закрепления установленным порядком необходимых площадей, материально-технического и финансового обеспечения функционирования Центра. 

Для реализации уставной деятельности в Центре были созданы:

• шесть учебных циклов;
• учебно-методическое отделение;
• отделение дистанционного обучения;
• лаборатория информационных систем и технологий в образовании;
• библиотека;
• все необходимые подразделения обеспечения.

Основой учебных циклов стали учебно-научные стенды, созданные в ряде Московских ВУЗах, а также самостоятельный учебно-научный стенд Центра, которые позволили удовлетворять потребности в переподготовке сотрудников основных главков Федерального агентства, а также обеспечить профильную подготовку слушателей и студентов вузов г. Москвы, осуществляющих подготовку специалистов в интересах ФАПСИ. 

Деятельность учебных циклов базировалась на привлечении ведущих специалистов Федерального агентства правительственной связи, вузов и научно-исследовательских организаций г. Москвы, участвующих в проектировании, создании и эксплуатации ИТКС, на основе совместительства и почасовой оплаты труда.

В июне 2001 года руководством ФАПСИ при Президенте РФ было утверждено новое штатное расписание и, в результате проведения оргштатных мероприятий, учебные циклы были преобразованы в кафедры.

В соответствии с Указом Президента Российской Федерации Учебно-методический центр новых информационных технологий ФАПСИ передан в состав Федеральной службы безопасности Российской Федерации. В дальнейшем на базе Учебно-методического центра новых информационных технологий ФСБ России распоряжением Правительства Российской Федерации был образован Московский Институт новых информационных технологий Федеральной службы безопасности Российской Федерации. 

Сегодня Московский институт новых информационных технологий является государственным образовательным учреждением дополнительного профессионального образования сотрудников федеральных органов государственной власти и осуществляет свою учебно-научную деятельность на основании лицензии Министерства образования Российской Федерации на право ведения образовательной деятельности в сфере профессионального  образования и свидетельства о государственной аккредитации Министерства образования Российской Федерации.

В целях организации учебного процесса на высоком и качественном уровне Институт активно привлекает к педагогической деятельности ведущих специалистов органов безопасности, а также высококвалифицированных преподавателей учебных и научных заведений г. Москвы. 

Институт реализует краткосрочные курсы,  курсы повышения квалификации, а также профессиональную переподготовку специалистов с целью ведения профессиональной деятельности в новой сфере.

Основными направлениями деятельности Института являются:

• организация и проведение профессиональной переподготовки и повышения квалификации по новым информационным технологиям  сотрудников органов федеральной службы безопасности, других министерств и ведомств Российской Федерации, а также специалистов спецслужб иностранных государств;
• участие в профильной подготовке студентов и слушателей государственных образовательных учреждений высшего профессионального образования, осуществляющих в соответствии с заключенными соглашениями подготовку, переподготовку и повышение квалификации специалистов в интересах органов безопасности;
• организация и проведение научных исследований по новым информационным технологиям, а также по направлению совершенствования методики обучения и учебного процесса в Институте;
• научная экспертиза программ, проектов, рекомендаций других документов и материалов в области новых информационных технологий, консультационная деятельность;
• организация и проведение издательско-полиграфической деятельности;
• решение организационно-штатных и кадровых вопросов;
• расширение учебно-материальной и технической базы в интересах образовательного процесса.