Московский институт новых информационных технологий ФСБ России ведет свою историю с формирования 1 октября 1997 г. Учебно-методического центра новых информационных технологий Федерального агентства правительственной связи и информации при Президенте Российской Федерации.
Создание образовательного учреждения такого типа было продиктовано необходимостью решения проблем кадрового обеспечения в сфере современных информационно-телекоммуникационных технологий в рамках реализации Федеральной целевой программой создания и развития информационно-телекоммуникационных сетей специального назначения в интересах органов государственной власти до 2007 г., утвержденной Правительством Российской Федерации 30 октября 2000 г. № 835-63.
В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 11 марта 2003 г. № 308 «О мерах по совершенствованию государственного управления в области безопасности Российской Федерации» Учебно-методический центр новых информационных технологий ФАПСИ передан в состав ФСБ России и на его базе приказом ФСБ России от 16 июля 2003 г. № 464 был создан Учебно-методический центр новых информационных технологий Федеральной службы безопасности Российской Федерации. В дальнейшем на базе Учебно-методического центра новых информационных технологий ФСБ России распоряжением Правительства Российской Федерации от 13 октября 2003 г. № 1481-р был образован Московский институт новых информационных технологий Федеральной службы безопасности Российской Федерации.
Институт является федеральным государственным казенным образовательным учреждением дополнительного профессионального образования (переподготовки и повышения квалификации), имеющим бессрочную лицензию Министерства науки и высшего образования Российской Федерации на право ведения образовательной деятельности.